Etude Données Tests PCR Covid 19 – I

Après l’étude des données de SOS Médecins vue dans notre article précédent à l’adresse https://www.anakeyn.com/2020/07/10/etude-donnees-sos-medecins-covid-19-i/ il nous a semblé aussi intéressant d’étudier les données de tests virologiques (dits PCR pour « polymerase chain reaction« )

Ces tests permettent de détecter si vous êtes porteur du virus du Sars-Cov-2 à un instant T, et se font en France à l’aide de « tampons nasaux ».

Attention à ne pas confondre avec les tests dits sérologiques qui permettent de savoir si vous avez été en contact avec le virus et si vous avez développé des anticorps.

Les donnés originales sont disponibles sur la page « Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 SI-DEP » du site Data.gouv.fr à l’adresse : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-resultats-des-tests-virologiques-covid-19/

Comme pour les autres données, comme elles changent tous les jours vous pouvez récupérer les fichiers sur lesquels nous avons travaillé dans notre boutique à l’adresse : https://www.anakeyn.com/boutique/produit/donnees-etude-covid19-tests-virologiques-au-09-07-20/

Evolution du nombre de tests du 13/05 au 12/07/2020

Comme vous pouvez le constater on est bien loin des 700.000 tests par jour de prévus. On a juste une petite augmentation depuis 3 semaines pour arriver à 69.000 tests le 10 juillet.

Il y a aussi une forte variation dans la semaine, les tests et/ou les résultats n’étant pas disponibles le Week-End.

Evolution du taux de tests positifs du 13/05 au 12/07/2020

Le taux de positifs est assez bas il va d’environ 2,5 % à 1 %. On assiste à une descente régulière du taux jusque la mi-juin mais qui semble faire du yoyo depuis. Par ailleurs il peut-y avoir des différences journalières importantes en fonction de la découverte de clusters.

Regardons par Régions :

La Guyane et Mayotte présentent des taux positifs énormes par rapport aux autres régions sur la période. Comme on a pu le constater précédemment, nous ne sommes clairement pas dans la même phase épidémique.

Nous allons nous concentrer sur les Régions métropolitaines pour la suite.

Evolution du taux de tests positifs France Métropolitaine du 13/05 au 12/07/2020

Après une baisse régulière et un minimum de 0,68 % atteint le 7 juillet, il semble que le taux de positifs augmente depuis quelques jours pour atteindre 0,964 %. A suivre dès que nous aurons des nouvelles données.

Taux positifs par départements

La Mayenne présente un taux plus élevé 3,35 % certainement du au cluster récemment découvert. Cependant cela n’a rien à voir avec le taux à près de 20% de la Guyane.

Regardons sur une période plus courte, par exemple depuis début juillet pour identifier des départements avec clusters récents.

La Mayenne se détache clairement avec un taux de positifs à près de 6 % depuis début juillet.

L’Aisne, le Val-d’Oise et les Yvelines disparaissent du top 5 au profit de l’Eure-et-Loir, les Deux-Sèvres et Paris.

Regardons l’évolution pour les 5 départements les plus touchés récemment : la Mayenne, la Seine-Saint-Denis, l’Eure-et-Loir, les Deux-Sèvres et Paris.

Clairement les Deux-Sèvres, l’Eure-et-Loir et surtout la Mayenne présentent des événement récents. En revanche Paris et la Seine-Saint-Denis présentent un taux plus stable mais assez élevé en moyenne.

Regardons les départements les plus peuplés :

Période du 13/05 au 12/07/20

La Région Parisienne et les départements qui ont été le plus touchés au plus fort de l’épidémie présentent en général un taux plus élevé durant la période.

Période du 06/07 au 12/07/20

Comme on peut le voir les départements les plus touchés précédemment ont tendance à avoir un taux de positifs en baisse. En revanche certains départements enregistrent une légère hausse comme par exemple la Loire-Atlantique 1,322% vs 1,21% ou les Bouches-du-Rhône 1,154% vs 1,118%.

Ainsi, il est important de se concentrer sur l’évolution par département et sur des périodes courtes pour voir émerger les clusters rapidement.

Comparatif nombre de tests vs nombre de positifs pour 100.000 habitants par départements.

S’il peut paraitre logique (à certains :-)) que plus on fait de tests plus on trouve de positifs, ce n’est pas complètement exact. Par exemple dans le graphique ci dessus on peut voir que la Mayenne présente 3,7 % des positifs contre 0,961 % des tests pour 100000 habitants alors que la Corse-du-Sud présente 0,841% des positifs pour 1,794% des tests pour 100000 habitants.

C’est d’ailleurs pour cela que l’on se concentre sur le taux de positifs et non pas le nombre :-).

Age Moyen

L’âge moyen des positifs est légèrement plus bas que l’ensemble des testés. Si l’on compare par rapport à l’age moyen des personnes diagnostiquées par SOS Médecins on a ici un âge de près de 10 ans plus élevé.

Toutefois, cet âge est bien plus bas que l’âge moyen des hospitalisés que l’on avait calculé autour de 70 ans précédemment. Ceci peut être rassurant pour l’instant, le nombre d’hospitalisés devrait grimper moins vite.

Classe d’âge :

Les personnes en âge de travailler ont été le plus testées

Regardons le taux de positifs par classes d’âge :

Les classes d’âge les plus touchées sont les jeunes adultes 20-30 ans (un effet du relâchement supposé?) et les plus âgés, plus de 90 ans (le fait d’être en permanence dans des structures collectives fermées ?)

En revanche, les jeunes enfants présentent peu de contaminations malgré un retour à l’école plus suivi que pour les adolescents.

Les jeunes retraités de même, du fait qu’il ne sont plus au travail et pas encore dans des structures collectives.

Vérifions sur les derniers jours du 1er juillet au 12 juillet 2020

Le taux de positifs a beaucoup baissé pour les plus de 90 ans dans les derniers jours. On devait précédemment avoir les restes de la première vague.

En revanche, pour les jeunes adultes, 20-30 ans cela reste élevé, même si cela a baissé par rapport à mai/juin en valeur absolu. A suivre pour voir s’il n’y a pas un relâchement pendant l’été…

Sexe

Curieusement, les informations sur le sexe ne sont pas disponibles dans les données départementales mais régionales ou France. Pour être cohérent avec le reste de l’étude nous n’avons conservé que les régions métropolitaines.

Evolution des tests hommes vs femmes

Comme pour l’appel à SOS Médecins, les tests sont un comportement plutôt féminin.

Regardons par régions :

Le phénomène « féminin » est valable pour toutes les régions.

Taux de positifs selon le sexe :

Le taux de positifs est légèrement plus élevé pour les hommes que pour les femmes.

Regardons en fonction des régions :

Toutefois cela peut changer de sens selon les régions.

Conclusion au 12/07/2020 :

Il y a une légère augmentation du taux de cas positifs en Métropole, on verra dans les jours prochains si cela évolue dans un sens ou dans un autre (nos données vont jusqu’au 12 juillet).

Toutefois, l’âge des positifs autour de 48 ans peut rassurer : le risque d’hospitalisation est beaucoup moindre. A condition de ne pas contaminer les plus âgés dans les jours qui viennent.

La classe d’âge qui présente le plus fort taux de positifs sont les jeunes adultes de 20 à 30 ans : peut-être un effet de relâchement pendant l’été ? A suivre.

Le fait de faire un test est un comportement plutôt féminin, en revanche les taux de positifs sont légèrement plus élevés pour les hommes.

Attention, cette étude est toujours en cours ! Merci de patienter pour la suite.